Gazi Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü 41 Sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile kurulmuş olup, 2547 sayılı Yükseköğretim Kanununa dayanılarak çıkarılmış olan Gazi Üniversitesi Lisansüstü Eğitim Öğretim ve Sınav Yönetmeliğine uygun olarak öğrenci kabulüne 1983 yılında başlamıştır.

Gazi Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü’nün temel amacı Gazi Üniversitesi'nde Fen ve Mühendislik Bilimleri alanında sürdürülen lisansüstü eğitimi düzenlemek, bilimsel ve teknolojik gelişmeleri izleyerek lisansüstü çalışma ve projelere yön vermek, öğrencilerini güncel konularda ileri araştırmalara yöneltmektir.

Fen Bilimleri Enstitüsüne bağlı anabilim dallarında 296 Profesör, 157 Doçent, 252 Yardımcı Doçent ve 51 Dr. Öğretim Görevlisinin oluşturduğu güçlü bir öğretim kadrosu her geçen gün daha iyi, daha nitelikli çalışmalara imza atmakta olup, son yıllarda atak yapan Gazi Üniversitesini daha ileriye taşımak için çalışmaktadır.

Enstitünün lisansüstü programlarına kayıtlı olan öğrenciler ders, seminer ve tez çalışmalarını yönetmeliğe uygun olarak sürdürürler. Öğrenciler lisansüstü eğitimlerini bağlı oldukları yönetmeliklerde belirtilen sürede tamamlamak zorundadır.

Bilim çağında Türkiye’nin seçkin eğitim kurumlarının başında yer alan Gazi Üniversitesi’nin Lisansüstü eğitim-öğretim ve araştırma faaliyetlerinde önemli yeri olan Fen Bilimleri Enstitüsü seçkin bilim kadrosu ile geleceğimizin bilim adamlarını yetiştirme çabalarını sürdürmektedir. Enstitümüz vizyon ve misyonuna uygun olarak belirlediği ilkeler ışığında çalışmaktadır.

Son dönemde, Bilgi Güvenliği Mühendisliği, İngilizce Smart Grids programlarının yanında açtığı ingilizce programlar ile de çalışmalarını uluslararasılaştırmaktadır.

Enstitümüz, tezlerini ve dergilerini elektronik ve mobil ortamda yayımlayan, tez hazırlamada öğrencilerine otomatik tez şablonu hizmeti sunan, tezlerin enstitüye teslimini elektronik olarak yapan, tezlerde karekod uygulaması ile ülkemizde örnek çalışmalar yürüten ülkemizde öncü enstitülerdendir.  

Ülkemizin önemli Eğitim-Öğretim kurumlarının biri olan Gazi Üniversitesi, son dönemde nitelikli insan gücü yetiştirmeye ağırlık vermiştir. Fen Bilimleri Enstitüsü bunun bilinciyle hareket eden, bilimsel yönetim anlayışı, şeffaf ve adaletli yönetim yaklaşımı, ve tüm iş süreçlerini elektronikleştirme hedefiyle çalışan, 2015 Ocak ayı itibarıyla da akreditasyon çalışmalarına başlayarak lisansüstü eğitimde kalite güvence sistemini uygulayan  uluslararası bir enstitü olma çalışmalarını sürdürmektedir.